Para generar un PDF con PhalconPHP podemos utilizar entre otras la librería Mpdf y seguir unos pasos muy sencillos.

Para instalar la librería con composer realizamos la siguiente acción en una terminal. Esto nos servirá para PHP+7

composer require mpdf/mpdf

Una vez tengamos instalada la librería en la carpeta vendor, tenemos que asegurarnos que en nuestro loader.php tenemos el require del autoload para que se cargué la clase de Mpdf automáticamente sin necesidad de hacer nada nosotros.

if (file_exists(BASE_PATH . '/app/vendor/autoload.php')) {    
    require_once BASE_PATH . '/app/vendor/autoload.php';
}
/**
 * Register the custom loader (if any)
 */
if (file_exists(BASE_PATH . '/vendor/phalcon/autoload.php')) {
    require_once BASE_PATH . '/vendor/phalcon/autoload.php';
}

Ahora ya podemos instanciar la clase desde el archivo services.php para poder utilizarla en cualquier controller.

$di->set('Mpdf', function () {
    return new \Mpdf\Mpdf();
});

Y ya solo queda un ejemplo básico sin olvidar que tenemos que hacer uso de la librería response (use Phalcon\Http\Response;) que nos concede PhalconPHP, para dar la cabecera correcta, en este caso PDF.

$this->response->setHeader('Cache-Control', 'max-age=0');
$this->response->setHeader('Content-Type', 'application/pdf');
$this->Mpdf->WriteHTML('<h1>Hello world!</h1>');
$this->Mpdf->Output('factura.pdf', 'D');

Si con este ejemplo tenéis algún problema y todo lo escrito está correcto, posiblemente tendrías problemas con los permisos o con el propietario del archivo. Utilizar chmod o chown para solucionarlo.