Al tener la primera instalación hecha con phalcon, vemos que al utilizar el helper tag para un enlace o un formulario, phalcon nos pone antes de todas las rutas el archivo index.php, quedándose por ejemplo una ruta como tal: https://www.dominio.com/index.phpruta-enlace.

Para evitar eso tenemos que meter el siguiente código en nuestro archivo services.php (pincha aquí si no tienes creado el archivo services.php)

protected function initUrl()
{
	$url = new UrlProvider();
	$url->setBaseUri($this->get('config')->application->baseUri);
	return $url;
}

Y si tu services.php instancia a $di, será así:

$di->set(
    'url',
    function() {
        $url = new \Phalcon\Mvc\Url();
        $url->setBaseUri('/');
        return $url;
});

De esta manera ya no saldrá ese index.php delante de todas nuestras rutas al utilizar el Tag de phalcon.