Si tienes un servidor alojado en por ejemplo Digital Ocean, seguramente tengas una clave privada para entrar a la consola mediante ssh, por lo tanto para entrar a la base de datos harás lo mismo poniendo los datos de ssh a tu servidor y los datos de la conexión a la bd. Tendrás algo parecido a la imagen.

Pero es posible que en tu servidor no tengas permitido la conexión ssh a tu bd. Por ello te vas a ir (en linux debian) a /etc/ssh y en el archivo sshd_config vas a añadir el siguiente comando:

AllowTcpForwarding yes

Con ello ya deberías poder conectarte a tu bbdd desde mysql-workbench utilizando una conexión ssh.