Lo primero de todo para conseguir esta funcionalidad es decirle a la aplicación dónde va a guardar el fichero, eso se hace en el archivo config.php, yo voy a obviar todo el contenido que tengo en ese archivo y voy a poner la linea para tal efecto. Recuerda crear la ruta para que esté disponible.

return new \Phalcon\Config([
    'application' => [
        'logPath'        => BASE_PATH . '/tmp/logs/error.log',
    ]
]);
php

A continuación en nuestro services.php haremos uso de las siguientes clases:

use Phalcon\Logger;
use Phalcon\Logger\Adapter\File as LogFileAdapter;

Con esto ya podemos instanciar nuestor logger y enviarlo a toda la aplicación para que este disponible pasándole los datos que hemos configurado en el config.php.

$di->set("logger", function () {
    $config = $this->getConfig();
    return new LogFileAdapter($config->application->logPath);
});

Ya solo queda hacer uso del logger para pintar lo que queramos en nuestro error.log, como puedan ser errores de la aplicación o acciones bien realizadas.

$this->logger->info('Tarea completada');

Tener en cuenta que logger permite pasarle además de info, otros  métodos como critical o debug, esto mostrará justamente ese mensaje a la hora de pintarlo en el log, aquí más información.