Si quieres realizar una llamada AJAX con VANILLA JS o JS Puro y responder con un JSON en PHALCON PHP, realiza este sencillo paso:

Antes de nada debes leer este post que es quién tiene la lógica entera y después tendrás que cambiar el tipo de respuesta en la view del controller para responder un JSON y no una VIEW.

$this->view->disable();
$this->view->setTemplateAfter('vacio');
$response = new \Phalcon\Http\Response();
$response->setContent(json_encode($data));
return $response;

Y el template solamente tendrá que escupir el data, solo tiene este contenido:

<?php echo $this->getContent(); ?>