Para empezar necesitas instalar (aunque no es del todo necesario, lo puedes hacer manualmente) la herramienta para Phalconphp llamada devtools.

Siguiendo los pasos del enlace anterior ahora puedes utilizar el comando phalconphp desde la línea de comandos para generar el proyecto, un controller, un model...

Para generar un nuevo proyecto, estando en la carpeta que queramos alojar el mismo:

phalconphp create-project mi-proyecto

Puedes visitar los comandos disponibles de phalconphp devtools para ejecutar otro tipo de tareas.